其创立于1913年，最初由罗马的天主教会神父JochiGakuin创建。 1549年，天主教传教士——圣方济·沙勿略到日本传教，认为日本人的资质优良，故希望于日本首都设立大学。由于丰臣秀吉、德川幕府相继禁教(日本锁国)，建校计划因此延宕400年。 1906年(明治39年)，教宗庇护十世派遣耶稣会教士赴日，向日本政府申请成立一个高等教育机构。1911年(明治44年)，财团法人上智学院成立，并开始筹办上智大学，翌年购入现时本部所在的土地。 1912年，中国天主教徒领袖人物英敛之、马相伯二氏联名撰写《上教宗求为中国兴学书》，提倡在北京建立一座天主教大学(今辅仁大学)。文中提到的“东京大学”即上智大学在中文文献的最早纪录： “......侧闻圣座，令在日本，创一东京大学，说者谓时机已迟。” 1913年，上智根据专门学校令正式开校，1928年根据大学令正式升格为大学。 1932年，开办日本第一个新闻学系。 1933年，发生“上智大学生拒绝参拜靖国神社事件”。 第二次世界大战结束之初，上智成为驻日盟军家属指定就读的高等教育机构。 1948年，改组新制大学，罗马教廷核可设立哲学系。 1949年，开办日本第一个可颁授学位的英语教学课程。 1957年开始开始接受女生入读。至今，女学生比例已高于男学生了。 1981年，罗马教皇若望·保禄二世莅校访问、发表演说。 2005年，美国国务卿康多莉扎·赖斯莅校访问、发表演说。 2007年，美国国防部长罗伯特·盖茨莅校访问、发表演说。 2009年，被文部科学省指定为全国13所“全球30计划(国际化示范点整顿事业)”入选大学。 2011年，中国总理温家宝莅校访问、发表演说，并与上智大学棒球队进行投打活动。 2013年，创立100周年，今上天皇伉俪出席庆典。
「上智」日文中原意为“最高的睿智”「神の叡智」——这是日本东京上智大学(Sophia University)校名的由来。学校的本科文学系和外语系进入东京5大名校排名。 上智大学的特色在于国际性教育，积极接纳外国留学生，注重学生的外语能力，与世界各地的著名大学建有交换留学制度。随着2006学年国际教养系迁入四谷主校区，欧美留学生与亚洲学生的交流进一步扩大，校园内随处可见外籍留学生，各国语言的交流不绝于耳。 上智大学还积极进行对外交流，已故罗马教皇保罗2世、西班牙公主克里斯蒂娜、波兰前总统瓦雷萨、爱尔兰前总统玛丽·罗宾逊、德国前总理施罗德、美国国务卿赖斯曾相继访问过学校。上智大学对英语教育极为重视，很多学部是几乎可以和早稻田和庆应媲美的传统校
神学研究生院，総合人类科学研究生院，全球研究研究生院，理工学研究生院，地球环境研究生院，地球环境专业
上智大学位于东京的中心地段，与其他大多数地处日本城市的大学一样，校园内没有宿舍。因此，学生上下学都利用电车，公交车等公共交通手段。虽然在校园内没有宿舍，但是在东京都内有我校专用的男生宿舍。另外我校还与一些民间学生宿舍签订了合同。
