京都大学前身是1869年5月建立的第三高等学校。1897年利用甲午战争的中国赔款，高校的法学部及工学部组成京都帝国大学，高校改设大学预科。同年设置理工科大学。1899年设置法科大学以及医科大学。1906年设置文科大学。(帝国大学不设学院，下设分科大学)大约20年后这些分科大学改称学部(学院之意)。在第二次世界大战后的学制改革中，第三高等学校剩余的部分(大学预科)并入京都大学。
京大从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了自在特色的“京都学派”。人们曾这样形容“京都学派”：京都大学的学者教授们“十分执着于理论研究，即使在常人看来芝麻一样的小事，京大教授了会饶有兴趣，只要合乎学术道理的，就会义无反顾地去做”。这个学派最早是京大文学部著名的哲学家西田几多郎以及他的弟子田边元、三木清等人倡导发起的，原意是指他们对日本哲学的研究有独到的见解，后来日本学术界引伸为京都大学毕业出来的“不问实际，只管求知”的一群人。正是他们这种“兴趣”和“执着”才使京大成了科学家的摇篮。 从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。有不少研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。这不仅可以从前述一些具有独家性和独特性的研究所建制中反映出来，而且一些研究设施也很引人注目。
京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等;教育学部，含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座;法学部，仅有法律学一个系含公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设 日本京都大学国际政治法律文献中心;经济学部，含经济学、经营学2系共11个讲座;理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，即有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，各系既相互独立又相互交叉，设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等;医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科共有39个讲座，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系168个讲座，研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等，附属机构有离子工程，自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施;药学部，含药学、制药化学两系共13个讲座，附设药用植物园;农学部，含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。
校区：京都大学除了宇治校区(理科一些研究机构设在这里)位于离校本部15公里外的宇治市外，其它的几个校区基本连在一起，从北到南的4个校区是：北校园，包含部分研究所、中心、理学部、农学部等机构;西校园，本部校区、人文科学各学部、工学部以及学校行政机构;南校园，包含教养学部、医学部以及它们的研究设施、药学部和医院寄托家园 图书馆：全校共有55个图书分馆，几乎每个学部及研究所均有自己的图书室。1990年全校总藏书量为4，857，357册，仅1989年一年用于购置图书期刊的经费就达13亿日元，包括定购3，000种杂志和27，370册新书以及其他的情报信息资料。全校图书馆建设先后经过四次革新新，新图书馆于1984年建成，共有面积14，000平方米，存书250，759册;存期刊3，800种(其中西文1，800种)。此外，还有珍、希本图书5万多册，其中包括39种170册国家指定的重要文物图书。全部资料对外开放，并不时举办展览。仅1985-1987年就公开展出过7次。京都大学建成了遍布整个校园并与国内外大学接通而能随时互换信息的高速情报通讯综合网络系统，这在日本大学中还属首家。下一阶段的目标将是实现会议电视化。
①京都大学国际交流会馆 本校的国际交流会馆(有修学院本馆、宇治分馆、おうばく分馆)作为外国留学生宿舍。入住时间为4月和10月。募集对象是初次来到日本在一年之内入读大学的留学生。募集时间在入住时间的前三个月(1月和7月)。入住时间最长为一年，不得延长。 费用(例如おうばく分馆) 单身用(有厨房、厕所)……11，700日元/月(包括水费、家具使用、互联网，不包括电费) 夫妇用(有厨房、厕所)……18，900日元/月(包括水费、家具使用、互联网，不包括电费) 家族用(有厨房、厕所)……28，400日元/月(包括水费、家具使用、互联网，不包括电费) 注：京都大学国际际交流会馆容纳的人数和入住时间有限。另外，本校的留学生也可以入住本校的普通宿舍和公共团体设置的宿舍(和日本学生共住) ②民间公寓 要寻找民间公寓的话，到日本后到京都大学协同组合和不动产经营者处咨询。 房租：由居住区和房子大小而定。在京都市内租的话房租一般如下。通常房子不附带家具。 单身用(共用厨房和厕所)……25，000-30，000日元/月 单身用(单间公寓形式)……45，000日元/月 租房时，通常除房租外还有礼金、押金、中介手续费等，几个月的房租保证金以及保证人。
