东京大学部分科系最早可以溯源到灵元天皇时期，学校主体由“东京开成学校”与“东京医学校”在明治维新期间合并改制而成。作为资本主义文明浪潮冲击下的直接产物，东京大学有着举足轻重的历史性地位，它培养了包括1名菲尔兹奖得主、6名沃尔夫奖得主、8名诺贝尔奖得主、16位日本首相、21位(帝国)国会议长在内的一大批学术名家、工商巨子、政经菁英，是日本重要的政商、文化阵地，是日本最高学术殿堂、是亚洲乃至世界最顶尖的科研教育机构之一。

一桥大学为明治六大教育家中之二人森有礼及福泽谕吉于1875年(明治8年)所创立的商法讲习所为起源，日本最古老的社会科学系大学。之后，在第二次世界大战发生以前则为“东京商科大学”，作为日本第一所国立单科大学而专门于商学领域中耕耘。

东京工业大学的前身是由以培养工学方面专业人才为办学目的的“东京职工学校”发展而来(1881年5月26日建校)，第一任校长是正木退藏。为了达到迅速追赶西方科技的目的，日本明治政府希望通过建立这所学校来培养更多的近代化技术工人和工程师。

筑波大学的前身是日本东京教育大学，它与东京大学的前身——大学南校，今日庆应义塾大学的前身——庆应义塾一样均具有百年以上的校史。它于明治5年(1872)创办，最初取名为东京师范学校，后相继发展为东京高等师范学校、东京文理大学，战后实行新学制而改名为东京教育大学。当时设有文学、理学、教育学、农学、体育5个学部和光学研究所。

早大创立者大隈重信与教育家福泽谕吉之间的关系不佳。福泽认为大隈是“任性的政治家”，大隈则认为福泽是“关在象牙塔的学者”，两人一直都避免相互碰面。某次杂志的编辑在事先不告知对方的状况下让两人出席酒宴，结果几杯酒下肚之后，两人竟然彼此意气投合。大隈对福泽说“我还真是羡慕福泽先生您啊，可以被无数前程远大的学子们围绕着”。福泽笑说“您要不要也试着办学校啊?”这成为早稻田大学创立的契机。

庆应义塾大学是日本第一所私立大学，也是日本最顶尖的私立大学-与早稻田大学并称为“日本私学双雄”。它创建于1858年，由日本近代著名思想家福泽谕吉在江户(东京旧称)的筑地铁炮州购地开办，取“兰学塾”，又名“福泽屋”。10年后，即庆应4年，正式定名为庆应大学。